С 1775 года он командовал фрегатом, а в 1780 году был назначен капитаном императорской яхты, но быстро отказался от карьеры при дворе. Когда началась русско-турецкая война 1787-1792 годов, Ушаков командовал линкором «Святой Павел». В 1789 году он стал контр-адмиралом. С 1790 года являлся командующим Черноморским флотом. В 1793 году Ушаков был произведен в вице-адмиралы.

С 1798 по 1800 год Ушаков командовал российским флотом в Средиземном море. Он являлся автором Конституции греческой Республики Семи Островов. В 1799 году произведён в адмиралы флота. В 1807 году Ушаков вышел в отставку и жил в своем имении в деревне

Алексеевка (ныне Республика Мордовия). В годы жизни в имении Ф. Ф. Ушаков посвятил себя молитве и широкой благотворительной деятельности. 

Фёдор Фёдорович за свои выдающиеся заслуги перед Отечеством удостаивался Ордена Святого Владимира (1784 и 1788 годы), Ордена Святого Георгия (1788 и 1790), Ордена Святого Александра Невского (1791), Алмазных знаков Ордена Святого Александра Невского (1798). Кроме того, он награждён Орденом Святого Януария Королевства обеих Сицилий, высшей награды Османской империи «Челенг» и многих других орденов и медалей.

Умер великий флотоводец 14 октября 1817 года. Похоронен в Санаксарском монастыре близ города Темникова. 6 августа 2000 года Фёдор Ушаков был канонизирован Русской православной Церковью (святой Саранской епархии).